Choroba może rozwijać się praktycznie we wszystkich narządach, dlatego też grupa powikłań jest bardzo duża, np.: zapalenie opon mózgowych, zapalenie mózgu, porażenia nerwów, reumatoidalne zapalenie stawów.

Borelioza jest poważnym zagrożeniem dla serca, wywołując zapalenie serca, osierdzia i wsierdzia, w wielu przypadkach prowadzi do bloku serca. Może wywoływać tzw. zespół przewlekłego zmęczenia i niedociśnienie tętnicze a nawet uszkodzenie zastawek serca. Borelioza z zajęciem serca objawia się bólami w klatce piersiowej, dusznością, kołataniem serca, omdleniami.

Miesiąc po ukłuciu kleszcza pojawia się czerwona plama, później dochodzi gorączka, bóle głowy, stawów, mięsni, sztywność karku, powiększenie węzłów chłonnych. Powikłań można uniknąć, jeśli rozpoznane zostaną wczesne objawy skórne i zastosowana będzie kuracja antybiotykowa.