Przyjmowanie leków blokujacych pompę protonową nie zniekształca obrazu endoskopowego. Wykonujący badanie lekarz będzie mógł zobaczyć wszystkie ewentualne zmiany patologiczne bez względu na stosowane wcześniej wymienione w liście leki. Ograniczenia o których mowa wyżej dotyczą testu ureazowego na obecność Helicobacter pylori. Przyjmowane przewlekle blokery pompy protonowej mogą spowodować, że wynik ten będzie fałszywie ujemny.W takiej sytuacji w przypadku konieczności wykonania badania w kierunku obecności helicobacter pylori będzie można uciec się do badania histopatologicznego pobranego z części przedodźwiernikowej wycinka błony śluzowej żołądka na obecność wspomnianej bakterii.