Do uregulowania pozostała jeszcze kwestia samorządu zawodowego (izb aptekarskich). Powołanie izb aptekarskich było również postulowane od początku niepodległości Polski. Łączono je nawet z całością ustawy aptekarskiej (jak w pierwszym projekcie ustawy opracowanej przez PPTF) lub myśl ta przewijała się jako motyw w projektach rządowych. Była ona również tematem wielu rozważań i dyskusji w prasie fachowej oraz na zebraniach przedstawicieli zawodu.

Powołanie izb aptekarskich było też przedmiotem interpelacji w dniu 15 maja 1928 r. w Sejmie posła St. Szczepańskiego i członków Klubu Parlamentarnego „Wyzwolenie”, skierowanej do Ministra Spraw Wewnętrznych Felicjana Sławoja-Składkowskiego. Odpowiedzią na interpelację było przesłanie do laski marszałkowskiej wyjaśnienia, z którego wynikało ówczesne stanowisko ministerstwa, łączące możliwość powołania do życia izb aptekarskich z równoczesnym uchwaleniem jednolitej ustawy aptekarskiej w Polsce. W wyjaśnieniu stwierdzono, że izby powinny stać się reprezentacją zawodową zarówno właścicieli aptek, jak i zatrudnionych w nich farmaceutów, z przymusem należenia do nich. Gdyby jednak ustawa dopuściła, że koncesję na aptekę może uzyskać „każdy” (nie tylko farmaceuta), wtedy tacy właściciele powinni należeć do Izb Przemysłowo-Handlowych. Podkreślono też istnienie zwartych organizacji zrzeszających farmaceutów, które mogą reprezentować ten zawód.

Warto w tym miejscu przypomnieć inicjatywę, jaką wykazało PPTF okręgu poznańskiego wraz ze Związkiem Zawodowym Farmaceutów-Pracowników, organizując w dniu 11 września 1933 r. wspólne zebranie, na którym E. Kuczyński wygłosił referat pt. „Utworzenie Izb Aptekarskich”. W referacie stwierdzono, że Izba Przemysłowo-Handlowa nie może stanowić reprezentacji zawodu. Samorządem zawodowym powinny być Izby Aptekarskie na wzór Izb Lekarskich czy Izb Adwokackich. Zajmowałyby się one rejestrem farmaceutów, opiniowaniem kandydatów do koncesji, sprawami etyki zawodowej, wyrażaniem opinii o projektach ustaw i ważniejszych rozporządzeń, a także sprawami naukowo-zawodowymi. Za przyszłe zadanie izb uważano ponadto pogodzenie dwóch grup farmaceutów (właścicieli aptek i pracowników-farmaceutów).

Dyskusje trwały, lata mijały i dopiero 15 czerwca 1939 r. Sejm uchwalił „Ustawę o Izbach Aptekarskich”. Wtedy też na tej podstawie mogła powstać Naczelna Izba Aptekarska i Okręgowe Izby Aptekarskie. Niestety, wybuch drugiej wojny światowej uniemożliwił wejście tej ustawy w życie (dopiero pod jej koniec, na wyzwalanych spod okupacji niemieckiej terenach – na Lubelszczyźnie, farmaceuci polscy – mając tylko samą ustawę bez zarządzeń wykonawczych, samorzutnie poczęli organizować samorząd aptekarski. Wielka w tym była zasługa mgra farm. Witolda Łobarzewskiego w Lublinie, który podjął się organizacji Izby. Już w styczniu 1945 r. został zatwierdzony regulamin Izby, a w lutym 1945 r. Lubelska Izba Aptekarska otrzymała statut (a przypomnijmy, że dopiero 12 stycznia 1945 r. znad linii Wisły ruszyła wielka ofensywa Armii Czerwonej na Zachód, przepędzając armie hitlerowskie co najmniej na linię Odry i Nysy. Co zaskakujące... zarządzenia wykonawcze do „Ustawy o Izbach Aptekarskich” zostały uchwalone dopiero w 1946 r. Była to więc... przysłowiowa „musztarda po obiedzie”).