W pewnych warunkach (na skutek zaburzeń mechanizmów odpornościowych) mikroorganizmy zasiedlające nasz organizm - dotąd niepatogenne - mogą stać się szkodliwe. Czynnikiem chorobotwórczym bywają także drobnoustroje, pochodzące ze środowiska zewnętrznego, jak również mikroorganizmy przebywające w ludzkim ciele w stanie utajonym.

Zakażenia bakteryjne

Z poznanych kilkunastu tysięcy gatunków i odmian bakterii tylko ok. 7 proc. (czyli kilkaset) ma związek z organizmem człowieka, w tym połowę z nich stanowią gatunki i odmiany chorobotwórcze. W leczeniu zakażeń wywołanych drobnoustrojami stosowane są chemioterapeutyki - antybiotyki oraz związki pochodzenia syntetycznego, przy czym zasadnicze znaczenie ma pierwsza grupa związków. Z jednej strony rozwój antybiotykoterapii przyczynił się do zmniejszenia śmiertelności spowodowanej ciężkimi zakażeniami bakteryjnymi oraz do opanowania bardzo groźnych chorób, m.in. kiły i gruźlicy. Z drugiej strony stosowanie antybiotyków bez właściwych wskazań, w zbyt małych dawkach i przez zbyt krótki okres prowadzi do stopniowo narastającej oporności szczepów bakteryjnych na te substancje.

Infekcje wirusowe

Wirusy są pasożytami bezwzględnymi - niszczą komórki gospodarzy, do których są przystosowane ewolucyjnie. Dotychczas wykryto około 600 gatunków chorobotwórczych dla ludzi i dość często równocześnie dla zwierząt (wirusowe choroby odzwierzęce). Leki stosowane w zakażeniach wirusami w zdecydowanej większości hamują replikację drobnoustroju, hamując także funkcje komórek gospodarza (poważne działanie niepożądane). Do tej pory zsyntetyzowano kilka skutecznych leków przeciwwirusowych. Chociaż ich zastosowanie jest ograniczone, to jednak ułatwiają one leczenie, np. zakażeń wywołanych przez wirusy Herpes. Główną metodą zapobiegania zakażeniom wirusowym nadal są szczepienia.