Warunki wchłaniania panujące w pochwie i macicy różnią się od siebie, jednakże istnieje wiele wspólnych cech, wynikających z wpływu cyklu miesiączkowego na ten proces. Błona śluzowa pochwy jest nawilżana przez szyjkowe gruczoły wydzielnicze. Jej przepuszczalność substancji leczniczych zależy od cyklu miesiączkowego i stopniowo zmniejsza się po miesiączce. W przeciwieństwie do światła pochwy, wnętrze macicy jest w warunkach prawidłowych jałowe. Powstający w procesie metabolizmu glikogenu kwas mlekowy (pKa 3,8) zapewnia jej kwaśne środowisko (pH 4-5). Niski poziom pH stanowi czynnik ochronny przed zakażeniami, równocześnie stanowi jednak barierę dla plemników.

Flora bakteryjna pochwy (Lactobacillus, Bacteroides, Staphylococcus epidermidis) może mieć wpływ na trwałość i metabolizm dopochwowo zastosowanych leków. Wchłanianie, jakie ma miejsce w obrębie pochwy, przebiega zgodnie z procesem kinetycznym I rzędu i opisywane jest za pomocą otwartego modelu jednokompartmentowego.

Stężenie substancji leczniczej we krwi po podaniu dopochwowym jest początkowo mniejsze od wartości uzyskanych po podaniu doustnym lub domięśniowym. Jednak niewątpliwą zaletą podania dopochwowego jest przedłużenie czasu utrzymywania się stężenia terapeutycznego leku w osoczu, jak również wyższe stężenia w endometrium (Rysunek 1).

W macicy w każdym cyklu miesiączkowym dochodzi do złuszczania, a następnie odbudowy błony śluzowej. Po każdej miesiączce grubość endometrium stopniowo zwiększa się, aż do osiągnięcia pod koniec fazy lutealnej maksymalnej grubości rzędu 3-4 mm (13-14 dzień cyklu). Jednocześnie dochodzi do zmian w przepuszczalności naczyń krwionośnych. Tego typu zmiany nie dotyczą jednak błony śluzowej szyjki macicy, której odpowiedź na bodźce hormonalne w czasie całego cyklu miesiączkowego jest znacznie słabsza niż błony śluzowej macicy.

Do zmian wywołanych cyklem miesiączkowym wpływających na szybkość przenikania substancji czynnych podawanych dopochwowo nie dochodzi również w obrębie błony śluzowej pochwy. Jednakże zwiększony przepływ krwi miesiączkowej oraz wydzielin może w znaczny sposób skrócić czas znajdowania się substancji leczniczej w pochwie.

Unaczynienie pochwy tworzą naczynia tętnicze i żylne. Żyły tworzą splot pochwowy, łączący się ze splotami odbytnicy i pęcherza moczowego oraz naczyniami zewnętrznych narządów płciowych. Żyły obszaru maciczno-pochwowego odprowadzają krew bezpośrednio do układu krążenia, zatem lek podany drogą dopochwową nie ulega efektowi pierwszego przejścia.

Budowa anatomiczna błony śluzowej pochwy sugeruje, iż nie jest ona zbyt silną barierą biologiczną dla podanych drogą dopochwową substancji. Jednak ze względu na dobre unaczynienie ta droga podania mogłaby stanowić alternatywę dla leków ulegających wchłanianiu w obrębie błony śluzowej pochwy. Spośród leków, które mają zdolność  wchłaniania w obrębie pochwy, wymienia się przede wszystkim żeńskie hormony płciowe, prostaglandyny, jodki, salicylany oraz antygeny bakteryjne. Wchłanianie tych leków zwiększa się podczas stanów zapalnych w obrębie pochwy, kiedy to dochodzi do znacznego rozszerzenia naczyń krwionośnych. Mimo dogodnych warunków do wchłaniania wielu leków, droga dopochwowa nie jest zalecaną drogą podania leków o działaniu ogólnym. Powodem jest m.in. możliwość niekorzystnych zmian w obrębie błony śluzowej pochwy w czasie wielokrotnego stosowania leku, różna grubość nabłonka w czasie cyklu menstruacyjnego oraz zmienna osobniczo kinetyka i stopień wchłaniania substancji leczniczej, uzależnione  chociażby od rodzaju używanych środków higieny czy aktywności płciowej.