W przypadku ablacji jest to prąd o częstotliwości radiowej (RF) i temperaturze 50-70 st.C a w przypadku krioablacji jest to temperatura – 60st C, a więc dochodzi do zamrożenia komórek. Krioablacja przebiega wolniej, można sobie pozwolić na "głębsze" uszkodzenie tkanki. Jej zaletą jest odwracalność niektórych powikłań, wadą mniejsza skuteczność i dłuższy czas trwania zabiegu.